Le finestre delle navate laterali sono istoriate con figure sacre (il Buon Pastore, Santa Cecilia, San Giovanni Bosco, San Rocco, San Bartolomeo, ecc.) e scene (il Battesimo al Giordano, la decapitazione di San Giovanni Battista, ecc.) opera dello Studio d’Arte del prof. Mario Albertella di Milano. Dello stesso Studio d’arte sono tutte le vetrate ed i rosoni che incontriamo nella nostra visita.
Sulle colonne esterne delle due navate laterali sono appese le 14 stazioni della Via Crucis scolpite dallo Studio Artistico Alessandro Cappuccini di Milano su immagini del pittore Morgari. Ci poniamo, ora, al centro del braccio trasversale, all’incrocio con quello centrale, sotto la cupola per ammirarne le decorazioni. Quelle originali di Guido Guarnieri di Monza, su disegno e direzioni del già citato comm. Cisterna, sono state recentemente rinnovate: sono a squame di pesce a colori degradanti dall’effetto suggestivo ed imponente, e si ispirano ai motivi che Michelozzo Michelozzi usò per affrescare la volta della cappella di S. Pietro Martire in S. Eustorgio a Milano. Nelle quattro pareti di base, oltre ad un pregevole crocifisso di Ambrogio Fossati, sono dipinti i simboli eucaristici: il pellicano, un paniere con pani ed uccelli, un vaso di vino con colombe. Le vetrate rappresentano cori di angeli svolazzanti su disegno del pittore Claudio Nani.
Nelle absidi laterali – al termine del braccio trasversale – sono poste due cappelle minori, esattamente identiche e speculari, dedicate alla beata Vergine del Rosario ed a San Giuseppe. Le due statue, opere molto apprezzate dello scultore Armando Violi di Milano, sono in marmo di Serravezza. Nelle piccole trifore, le vetrate riproducono figure di donne bibliche e di antichi patriarchi. La volta della cappella della Madonna, in tre medaglioni con intrecci di rose o gigli, porta le scritte: “Tota pulchra es Maria” (O Maria, sei tu bella); “Quasi oliva speciosa” (Come una bella oliva); “Quasi flos rosarum” (Come fiore di rose). Anche nella volta della cappella di San Giuseppe si trovano analoghi medaglioni con le scritte: “Fideles servus et prudens” (Servitore fedele e prudente); “Sicut cedrus Libani” (Come cedro del Libano); “Iustus ut palma” (Il giusto è simile alla palma). Accanto alla statua della Madonna è appeso lo stendardo che il marchese don Federico Aliprandi donò alla Confraternita del S. Rosario nel 1767; così come accanto alla statua di S. Giuseppe è appeso lo stendardo della Confraternita del SS. Sacramento, datato 1759.